17 Ağustos 1999 tarihli Marmara Depremi’nin ardından İstanbul’da doğal afetlerle ilgili hazırlıkların yapılması, doğal afet sürecinin yönetilmesi ve etkilerinin en aza indirilmesi amacıyla İstanbul Büyükşehir Belediyesine bağlı kurumlar arasındaki iş bölümünü ve iş birliğini yönetmek, İBB Başkanı ve İstanbul İl Afet ve Acil Durum Müdürlüğünden (AFAD) gelecek emirler doğrultusunda İstanbul Büyükşehir Belediyesinin üzerine düşen görevleri gerçekleştirmek üzere; 7269 sayılı Afet Kanunu, 586 sayılı Kararname, 5393 sayılı Belediye Kanunu, 5216 sayılı Büyükşehir Belediye Kanunu, 12.12.2000 tarih ve 686 sayılı İstanbul Büyükşehir Belediyesi Meclis Kararı ile 12 Aralık 2000 tarihinde Afet Koordinasyon Merkezi Şube Müdürlüğü kurulmuştur.

Kurulduktan sonra faaliyetlerini geçici olarak İtfaiye Daire Başkanlığının Fatih’teki binasında sürdürmüştür. 2002 yılından itibaren ise Eyüpsultan ilçesi Güzeltepe mevkisinde, yüksek standartlı inşaat kalitesiyle sağlam zemine inşa edilen binasında faaliyetlerine devam etmektedir.

6 Şubat 2023’te meydana gelen Kahramanmaraş depremlerinin ardından, büyükşehir belediyelerinde afet yönetimi hizmetlerinin ayrı bir daire başkanlığı olarak yapılandırılmasının gerekliliğinin resmiyet kazanması ile İstanbul Büyükşehir Belediye Meclisinin 15.06.2023 tarihli 528 sayılı İstanbul Belediyesi Meclis Kararı ile İstanbul Büyükşehir Belediyesinin üzerine düşen görevleri yerine getirmek üzere kentsel dayanıklılığın sağlanması, afetlere hazırlık için toplumsal bilincin geliştirilmesi gibi afet öncesini, afet sırasında gereken müdahaleleri gerçekleştirmeyi, iyileştirmeyi, yeniden yapılandırmayı gibi afet anını ve sonrasını içeren süreçleri bütüncül bir yaklaşımla yönetebilmek için Afet İşleri Dairesi Başkanlığı kurulmuştur.

Evrensel ölçekte geçerli bütünleşik afet yönetim sistemi yaklaşımıyla, Afet İşleri Dairesi Başkanlığına bağlı olarak Afet Hazırlık Şube Müdürlüğü ile Afet Zarar Azaltma Şube Müdürlüğü kurulmuş ve afet koordinasyonu alanında köklü deneyime sahip Afet Koordinasyon Merkezi Şube Müdürlüğü (AKOM) de Afet İşleri Dairesi Başkanlığına bağlanmıştır.

• Afet ve Koordinasyon Merkezi Şube Müdürlüğü; afet ve acil durumlarda İstanbul Büyükşehir Belediyesi birimlerine bağlı ve ilgili kuruluşlar arasında koordinasyonun sağlama, ihtiyaç halinde müdahale kaynaklarını yönetme, Acil Durum ve Afet Müdahale Planı’nı hazırlama, güncel tutma ve planı uygulamaya hazır hale getirecek tatbikatları düzenleme faaliyetlerinin yanı sıra afet ve acil durumlara yönelik ilgili kurum ve kuruluşlarla toplantıları organize etme ve toplantı kararlarını takip etme, olumsuz hava koşulları öncesi hava durumu tahmin ve uyarılarıyla gerekli tedbirlerin alınma konusunda ilgili birimleri uyarma faaliyetlerini yürütür.
• Afet Hazırlık Şube Müdürlüğü; İstanbul Büyükşehir Belediyesi tarafından hazırlanan stratejik planlar ile eylem planlarının afet ve risk yönetimi açısından değerlendirme ve il düzeyindeki diğer afet ve acil durum planlarıyla koordinasyonu sağlama; afet ve acil durumlara karşı toplumsal bilinci artırma çalışmalarını yürütme; afet anında görev yapacak ekipleri kurma, eğitimlerini yaptırma ve hazır halde tutulmasını sağlama ile afet ve acil durum alanında çalışan diğer kurumlar, sivil toplum kuruluşları ve özel sektörle iş birliği yapma faaliyetlerini yürütür.